1919'da öğrenim gördüğü Avrupa'dan döndükten sonra komünist görüşleri savunmaya başladı. Komünistler bu dönemde en büyük milliyetçi örgüt olan Sarekat Islam'ın (İslam Birliği) işbirliği yapıyorlardı. Ama 1921'de bağımsız bir mücadele çizgisine yöneldiler ve Sarekat Islam'a bağlı bazı yerel örgütlerin desteğiyle devrimci eylemlere giriştiler. Tan Malaka ertesi yıl bir genel grev düzenlemek istediyse de bunda başarılı olamadı ve Hollandalı yetkililerce Hollanda Doğu Hint Adaları'na sürgün edildi. 1922'de Komintern'in (Komünist Enternasyonal) IV. Kongresi'neEndonezya Komünist Partisi (PKI) adına katıldı ve Komintern'in Güneydoğu Asya veAvustralya temsilciliğine getirildi.

Tan Malaka 1944'te Japon işgali sırasında Cava'ya döndü. Savaştan sonra iktidarı ele geçirebilmek için devlet başkanlığını üstlenen Sukarno'ya karşı mücadeleye girişti. Ama Sutan Sjahrir'i başbakanlığa getiren Sukarno karşısında etkisiz kaldı. Bunun üzerine Persatuan Perdjuangan (Birleşik Ayaklanma) adlı örgütü kurarak Sjahrir'in Hollandalılarla yürüttüğü anlaşma görüşmelerine karşı çıktı.

Tan Malaka Aralık 1948'de Endonezya devriminin önderliğini ele geçirmek amacıyla Endonezyalıların elindeki Cava'nın Kediri kentinde kandini Endonezya başkanı ilan etti. Hollandalılar Kediri'ye saldırınca kaçtı ama birkaç ay sonra yakalanarak Sukarno yandaşlarınca idam edildi.